A mudança de segmento do Ensino Fundamental I para o II é deveras simbólica e significativa para a criança, haja vista que coincide, especificamente, com o início da adolescência. Nesse sentido, o Ensino Fundamental II não representa somente mais responsabilidades educacionais, mas, principalmente, o contato com outros paradigmas e urgência de desempenho de novos papéis sociais nos processos de interação e de comunicação nos espaços e virtualidades de produção de conhecimento na sociedade pós-moderna a partir de outras perspectivas conceituais econômicas, políticas, históricas, culturais e tecnológico- comunicacionais. Nas primeiras séries do Fundamental II, os/as discentes, devido ao período de desenvolvimento físico-biológico-psicológico-cultural-afetivo no qual se encontram, vivenciam e experimentam uma gama de transformações. Nesta fase, os/as discentes estão mais curiosos/as, buscando liberdade, muitas vezes, com a imposição de desejos, pensamentos e questionando-contestando as realidades sociológicas e demais construtos que elas comportam.
Partindo-se do pressuposto de que no início do 6º ano o/a discente já domina um vasto repertório de conceitos e de informações, neste momento,a meta é contribuir para o avanço do conhecimento, desenvolvimento da AUTONOMIA e da RESPONSABILIDADE. Em todas as séries do Fundamental II, a Instituição, a partir do Corpo Diretivo, Docente e Coordenação, possui como foco o desenvolvimento intelectual, físico e emocional dos
adolescentes.
No ECE, no Ensino Fundamental II, o ano letivo é composto de3 (três) períodos letivos eos/as alunos/as do 6º ao 9º ano, semanalmente, possuem,em média, 29 (vinte e nove) aulas, divididas a partir das seguintes disciplinas e áreas do conhecimento:
Linguagens: Português, Produção de Texto, Espanhol, Inglês, Educação Física e Artes.
Ciências Humanas: Geografia, História, Cultura e Relações, Educação Financeira e Laboratório Inteligência de Vida (LIV)
Ciências da Natureza: Ciências biológicas (6º ao 8º ano), Física e Química (9º ano).
Matemática: Matemática I (Álgebra) e Matemática II (Geometria e Comercial).
Em todas as turmas, os/as alunos/as são provocados/as a questionar, a refletir, a pensar, a analisar, a formular perguntas, a pesquisar respostas e a propor soluções para problemas contemporâneos, como acontece no Projeto Feira das Ciências e da Cultura. Além dos pontos elencados, no ECE são feitos estudos e pesquisas in sito e in loco(em outros termos, trabalhos de campo), visitas técnicas, debates, filmes e, também, documentários. Enfim, todos esses recursos didáticos são amplamente utilizados nas dinâmicas das aulas. Ainda nesse âmbito, é importante destacar que os módulos didáticos e a plataforma adaptativa completam o conjunto de técnicas e de métodos para a aprendizagem.